La chiesa venne costruita nel XVII secolo su un vasto ambiente ipogeico, che oggi ne costituisce la cripta, visitabile; questo ambiente, utilizzato dai punici e dai romani, fu dai primi secoli del cristianesimo una chiesa rupestre. La tradizione popolare identifica nella cripta il luogo di prigionia e martirio di santa Restituta, madre di sant'Eusebio, vescovo di Vercelli.
L'edificazione della nuova chiesa rientrava nel clima di fermento religioso di quell'epoca in Sardegna: nel Seicento era viva la disputa tra gli arcivescovi di Cagliari e di Sassari, che si contendevano il titolo di Primate di Sardegna e Corsica. Allo scopo di dimostrare il primato di una diocesi sull'altra si organizzavano scavi nelle antiche necropoli e nei luoghi di culto dei martiri, al fine di ritrovarne le reliquie; si legano a questi fatti le origini di importanti monumenti, quali il Santuario dei Santi Martiri, nella Cattedrale di Santa Maria a Cagliari, e la cripta della Basilica medievale di San Gavino a Porto Torres, vicino a Sassari.
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